初平二年(191年)四月，董卓到长安，公卿百官在道边迎接。董卓暗示御史中丞以下官员都迎拜车下，用此来屈降皇甫嵩意气。然后，拉着皇甫嵩的手问：“义真，你害怕了没有？”皇甫嵩回答：“倘若您用盛德辅佐朝廷，大的祥庆正将到来，有什么可害怕的?倘若您滥用刑罚，逞其私志，那么天下都要恐惧，不单我一个人！”

董卓被杀之后，朝廷任命皇甫嵩为征西将军，不久改任车骑将军，这年秋天，升任太尉。冬天，因为流星出现，被策免。此后，又任光禄大夫、太常等职。公元195年病卒。朝廷赠以骠骑将军印绶。其子皇甫坚寿也很有名，后为侍中。

点评：皇甫嵩为人仁爱谨慎，尽心国事。

他在位期间，上表陈辞、劝谏或有所补益，一共五百多次，每次都亲手书写，而且毁掉草稿，一点也不宣露于外。

在军旅中，他温恤士卒，甚得众情。

每次部队停顿、宿营，他都要等到营幔修立妥当，才回自己的军帐。

将士们全部吃完饭后，他才吃饭。

部下吏士有接受贿赂的，皇甫嵩并不显责，而是再赐给他钱物，吏士惭愧，有的竟至于自杀。

皇甫嵩还折节下士，门无留客，当时人称扬他，纷纷归附。

不过，他是靠镇压黄巾起义而起家的。

这是他永远也难以洗却的污点。